מפתח תשובות · יחידה 5

DNA וחלבונים.

שאלות התרגול של כל שיעור, התשובות הנכונות שלהן והטעויות שהן מזהות. תשובות שנקראות מהסצנה משתמשות באותה הגדרה שהלומדים רואים.

קטלוג הטעויות הנפוצות

מפתח תשובות 4

שיעור 1 מתוך 4 · כ־20 דקות

הסליל הכפול

איך בנוי DNA: שני גדילים, ארבעה בסיסים וכלל התאמה אחד, קשרי מימן שמחזיקים את הסולם, כלל צ'רגף, ואיך מולקולה אחת הופכת לשתיים.

לפתוח את השיעור

5 השלבים והתשובות שלהם

שלב 1 מתוך 5
לפתוח את השלב
שני גדילים וסולם
תרגול · בחרו
השאלה
בכל שלב של הסולם יושב זוג בסיסים, אחד מכל גדיל. מול איזה בסיס יושב תמיד G?

התשובה הנכונה
- נכונה C
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
זוגות G–C
50 %
הדגשה
הכול
סליל כפול / שוכפל
סליל כפול
האפשרויות
מוצגות בסדר אקראי.
- נכונה C
- שגויה T
  טעות נפוצה: Thinks any two bases can pair, or that like pairs with like (A with A, or A with G).
  משוב מהקטלוג
  ההתאמה בין הבסיסים קבועה: A תמיד מול T, ו־G תמיד מול C. הסיבה היא צורה: A ו־G הם בסיסים גדולים, עם שתי טבעות, ו־T ו־C קטנים, עם טבעת אחת. כל זוג הוא גדול מול קטן, ולכן הרווח בין שני הגדילים זהה לכל אורך הסליל, ורק הזוגות האלה יוצרים ביניהם את קשרי המימן שמתאימים זה לזה.
- שגויה A
  טעות נפוצה: Thinks any two bases can pair, or that like pairs with like (A with A, or A with G).
  משוב מהקטלוג
  ההתאמה בין הבסיסים קבועה: A תמיד מול T, ו־G תמיד מול C. הסיבה היא צורה: A ו־G הם בסיסים גדולים, עם שתי טבעות, ו־T ו־C קטנים, עם טבעת אחת. כל זוג הוא גדול מול קטן, ולכן הרווח בין שני הגדילים זהה לכל אורך הסליל, ורק הזוגות האלה יוצרים ביניהם את קשרי המימן שמתאימים זה לזה.
- שגויה G, עוד G
  טעות נפוצה: Thinks any two bases can pair, or that like pairs with like (A with A, or A with G).
  משוב מהקטלוג
  ההתאמה בין הבסיסים קבועה: A תמיד מול T, ו־G תמיד מול C. הסיבה היא צורה: A ו־G הם בסיסים גדולים, עם שתי טבעות, ו־T ו־C קטנים, עם טבעת אחת. כל זוג הוא גדול מול קטן, ולכן הרווח בין שני הגדילים זהה לכל אורך הסליל, ורק הזוגות האלה יוצרים ביניהם את קשרי המימן שמתאימים זה לזה.
משוב לתשובה נכונה
G מול C, ו־A מול T, בכל זוג בסליל. לכן מספיק לקרוא גדיל אחד כדי לדעת את השני.

רמז
בחרו הדגשה על G–C והסתכלו מה יושב מול כל G.

פתרון מלא
1. בסליל יש ארבעה בסיסים: A, T, G ו־C.
2. כלל ההתאמה: A מזדווג רק עם T, ו־G רק עם C.
3. לכן מול G יושב תמיד C.
אם בחרתם A, חיברתם שני בסיסים גדולים, עם שתי טבעות כל אחד: זוג כזה רחב מדי לרווח בין הגדילים.
שלב 2 מתוך 5
לפתוח את השלב
קשרי מימן
תרגול · חשבו
השאלה
בסליל שבסצנה יש $20$ ⁠ זוגות בסיסים, ו־ $8$ ⁠ מהם, המודגשים, הם זוגות G–C. השאר הם A–T. כמה קשרי מימן מחזיקים את שני הגדילים יחד?

התשובה הנכונה
48 ± 0.1
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
זוגות G–C
50 %קבוע
הדגשה
G–C
סליל כפול / שוכפל
סליל כפולקבוע
מתקבלת בטווח
± 0.1
מחושבת מהסצנה בהגדרה של השלב
Hydrogen bonds holding the two strands together: two per A–T pair, three per G–C pair/nodes/dna/outputs/hydrogenBonds
תשובות שגויות שהשאלה מזהה
- 40 ± 0.1
  טעות נפוצה: Gives every base pair the same number of hydrogen bonds.
  משוב מהקטלוג
  לא כל הזוגות מחוזקים באותה מידה. זוג A–T מוחזק בשני קשרי מימן, וזוג G–C בשלושה. לכן סופרים בנפרד: שניים כפול מספר זוגות A–T, ועוד שלושה כפול מספר זוגות G–C. זה גם מה שהופך DNA עשיר ב־G–C ליציב יותר.
- 60 ± 0.1
  טעות נפוצה: Gives every base pair the same number of hydrogen bonds.
  משוב מהקטלוג
  לא כל הזוגות מחוזקים באותה מידה. זוג A–T מוחזק בשני קשרי מימן, וזוג G–C בשלושה. לכן סופרים בנפרד: שניים כפול מספר זוגות A–T, ועוד שלושה כפול מספר זוגות G–C. זה גם מה שהופך DNA עשיר ב־G–C ליציב יותר.
- 52 ± 0.1
  טעות נפוצה: Gives every base pair the same number of hydrogen bonds.
  משוב
  החלפתם: לזוג A–T יש שני קשרי מימן, ולזוג G–C שלושה. החשבון הנכון: $2 \times 12 + 3 \times 8$ ⁠.
משוב לתשובה נכונה
$12$ ⁠ זוגות A–T בשני קשרים, ו־ $8$ ⁠ זוגות G–C בשלושה: $24 + 24 = 48$ ⁠ קשרי מימן.

רמז
כמה זוגות A–T יש? כמה קשרים בכל סוג זוג?

פתרון מלא
1. זוגות A–T: $20 - 8 = 12$ ⁠.
2. קשרים בזוגות A–T: $12 \times 2 = 24$ ⁠.
3. קשרים בזוגות G–C: $8 \times 3 = 24$ ⁠.
4. ביחד: $24 + 24 = 48$ ⁠ קשרי מימן.
אם יצא לכם $40$ ⁠ או $60$ ⁠, נתתם לכל הזוגות אותו מספר קשרים. אם יצא $52$ ⁠, החלפתם בין שניים לשלושה.
שלב 3 מתוך 5
לפתוח את השלב
כלל צ'רגף
תרגול · חשבו
השאלה
עכשיו רק $4$ ⁠ מתוך $20$ ⁠ הזוגות הם G–C, כלומר $20\%$ ⁠ מהזוגות. איזה אחוז מכל הבסיסים בסליל, בשני הגדילים יחד, הם A?

התשובה הנכונה
40 ± 0.5
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
זוגות G–C
30 %קבוע
הדגשה
G–C
סליל כפול / שוכפל
סליל כפולקבוע
מתקבלת בטווח
± 0.5
מחושבת מהסצנה בהגדרה של השלב
Share of all the bases that are A (as many as T), 0..0.5/nodes/dna/outputs/adenineShare
תשובות שגויות שהשאלה מזהה
- 80 ± 0.5
  טעות נפוצה: Gives the share of base pairs as if it were the share of bases, forgetting that each pair holds two different bases.
  משוב מהקטלוג
  בכל זוג יש שני בסיסים שונים. אם $20\%$ ⁠ מהזוגות הם G–C, אז G הוא רק חצי מזה מכל הבסיסים, $10\%$ ⁠, ו־C עוד $10\%$ ⁠. כך גם בזוגות A–T: $80\%$ ⁠ מהזוגות נותנים $40\%$ ⁠ A ו־ $40\%$ ⁠ T. זה כלל צ’רגף: יש בדיוק כמה A כמו T, וכמה G כמו C.
- 10 ± 0.5
  טעות נפוצה: Gives the share of base pairs as if it were the share of bases, forgetting that each pair holds two different bases.
  משוב
  $10\%$ ⁠ הוא האחוז של G. השאלה היא על A, שנמצא בזוגות A–T.
משוב לתשובה נכונה
$16$ ⁠ זוגות A–T נותנים $16$ ⁠ בסיסי A מתוך $40$ ⁠ בסיסים: $40\%$ ⁠. ובאותו אופן $40\%$ ⁠ T, $10\%$ ⁠ G ו־ $10\%$ ⁠ C.

רמז
כמה בסיסים יש בסך הכול? בכל זוג A–T יש A אחד ו־T אחד.

פתרון מלא
1. בסיסים בסך הכול: $20$ ⁠ זוגות כפול $2$ ⁠ = $40$ ⁠.
2. זוגות A–T: $20 - 4 = 16$ ⁠, ובכל אחד A אחד: $16$ ⁠ בסיסי A.
3. האחוז: $\frac{16}{40} = 40\%$ ⁠.
4. בדיקה בכלל צ’רגף: A ו־T $40\%$ ⁠ כל אחד, G ו־C $10\%$ ⁠ כל אחד, וביחד $100\%$ ⁠.
אם עניתם $80\%$ ⁠, נתתם את האחוז של זוגות A–T מכל הזוגות. אבל בכל זוג כזה רק חצי מהבסיסים הם A.
שלב 4 מתוך 5
לפתוח את השלב
סליל יציב יותר
תרגול · הגיעו למטרה
השאלה
סליל של $20$ ⁠ זוגות יציב יותר ככל שיש בו יותר קשרי מימן. שנו את זוגות G–C עד שהסליל מוחזק בדיוק ב־ $56$ ⁠ קשרי מימן, ולחצו על בדיקה.

המטרה
- 56 ± 0.1
  בתחילת השלב: 48
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
זוגות G–C
50 %
הדגשה
G–C
סליל כפול / שוכפל
סליל כפולקבוע
נקרא מהסצנה בנקודה
Hydrogen bonds holding the two strands together: two per A–T pair, three per G–C pair/nodes/dna/outputs/hydrogenBonds
הגדרה אחת שמגיעה למטרה
זוגות G–C
75 %
הדגשה
הכול
משוב לתשובה נכונה
$16$ ⁠ זוגות G–C ו־ $4$ ⁠ זוגות A–T: $3 \times 16 + 2 \times 4 = 56$ ⁠. DNA עשיר ב־G–C קשה יותר להפריד, ולכן חיידקים שחיים במעיינות חמים נוטים להיות עשירים ב־G–C.

משוב לתשובה שגויה
עוד לא. ספרו: כל זוג G–C נותן $3$ ⁠ קשרים, וכל זוג A–T $2$ ⁠.

רמז
אם כל $20$ ⁠ הזוגות היו A–T, היו $40$ ⁠ קשרים. כל זוג G–C מוסיף קשר אחד.

פתרון מלא
1. עם $x$ ⁠ זוגות G–C ו־ $20 - x$ ⁠ זוגות A–T יש $3x + 2(20 - x) = 40 + x$ ⁠ קשרים.
2. רוצים $40 + x = 56$ ⁠, ולכן $x = 16$ ⁠.
3. הזיזו את זוגות G–C עד ש־ $16$ ⁠ זוגות מודגשים כ־G–C. בסליל הזה זה קורה סביב $75\%$ ⁠.
האחוז במחוון לא תמיד יוצא בדיוק: הבסיסים של הסליל נבחרים אחד אחד, ולכן כדאי לספור את הזוגות המודגשים.
שלב 5 מתוך 5
לפתוח את השלב
מולקולה אחת הופכת לשתיים
תרגול · נבאו, ואז הסתכלו
השאלה
לפני שהתא מתחלק הוא מעתיק את ה־DNA שלו. כשההעתקה בסצנה תיגמר יהיו שני סלילים. מה יהיה בכל אחד מהם?

התשובה הנכונה
- נכונה גדיל ישן אחד וגדיל חדש אחד
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
זוגות G–C
50 %
הדגשה
הכול
סליל כפול / שוכפל
סליל כפולקבוע
האפשרויות
- נכונה גדיל ישן אחד וגדיל חדש אחד
- שגויה סליל אחד ישן לגמרי, ולידו סליל חדש לגמרי
  טעות נפוצה: Thinks copying DNA leaves the old helix whole and builds a completely new one beside it.
  משוב מהקטלוג
  ה־DNA לא מצולם כמו מסמך. שני הגדילים נפתחים, וכל גדיל ישן משמש תבנית לגדיל חדש שנבנה מולו. לכן כל אחד משני הסלילים שבסוף מחזיק גדיל ישן אחד וגדיל חדש אחד. זה נקרא שכפול שמרני למחצה, ומזלסון וסטאל הראו אותו בניסוי ב־ $1958$ ⁠.
- שגויה בכל גדיל חתיכות ישנות וחדשות לסירוגין
  משוב
  זה היה אחד הרעיונות לפני ניסוי מזלסון וסטאל, אבל כל גדיל ישן נשאר שלם ומשמש תבנית לגדיל חדש שלם.
אחרי נעילת הניבוי הסצנה משתנה
סליל כפול / שוכפל
שוכפלקבוע
ואז הסצנה מראה: 2 · Double helices: 1, or 2 once copying is complete/nodes/dna/outputs/helices
ניבוי אף פעם לא נחשב כישלון: בכל מקרה הלומדים רואים את התוצאה ואת ההסבר.
משוב לתשובה נכונה
כל גדיל ישן הוא תבנית, וכלל ההתאמה קובע מה נבנה מולו. לכן שני הסלילים זהים זה לזה ולמקור, ובכל אחד גדיל ישן וגדיל חדש.

רמז
הגדילים נפתחים כמו רוכסן. על מה נבנה כל גדיל חדש?

פתרון מלא
1. הגדילים נפרדים: כל אחד מהם נושא את כל ההודעה.
2. מול כל גדיל ישן נבנה גדיל חדש, A מול T ו־G מול C.
3. לכן בכל סליל שבסוף יש גדיל ישן אחד וגדיל חדש אחד: שכפול שמרני למחצה.
בסצנה הגדילים החדשים מצוירים בגוון בהיר יותר, וכל סליל מקבל גדיל ישן אחד.

שיעור 2 מתוך 4 · כ־25 דקות

מגן לחלבון

איך גן הופך לחלבון: שעתוק ל־RNA שליח, תרגום בשלשות של אותיות, קודוני התחלה וסיום, ולמה הקוד הגנטי בנוי משלוש אותיות.

לפתוח את השיעור

6 השלבים והתשובות שלהם

שלב 1 מתוך 6
לפתוח את השלב
גנים מייצרים חלבונים
אין שאלת תרגול בשלב הזה.
הסצנה בשלב הזה
שינוי של אות אחת
בלי שינויברירת מחדלמוסתר
הגן / החלבון המקופל
הגן
שלב 2 מתוך 6
לפתוח את השלב
שעתוק
תרגול · בחרו
השאלה
הגדיל המקודד של הגן מתחיל כך, אחרי שלוש האותיות הראשונות: ATG AAG GAG. מה כתוב באותו מקום ב־RNA השליח?

התשובה הנכונה
- נכונה AUG AAG GAG
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
שינוי של אות אחת
בלי שינויברירת מחדלמוסתר
הגן / החלבון המקופל
0.34 (הגן → החלבון המקופל)
האפשרויות
מוצגות בסדר אקראי.
- נכונה AUG AAG GAG
- שגויה UAC UUC CUC
  טעות נפוצה: Writes the mRNA as the complement of the coding strand, mixing up the coding strand with the template strand.
  משוב מהקטלוג
  ה־RNA נבנה מול גדיל התבנית, ולכן הוא משלים לו, ושווה בדיוק לגדיל המקודד, חוץ מ־U במקום T. הגן כתוב תמיד בגדיל המקודד: אם הוא ATG AAG, ה־RNA הוא AUG AAG. אם השלמתם כל אות (A ל־U, T ל־A וכן הלאה), כתבתם את ההשלמה של ה־RNA, ולא אותו.
- שגויה ATG AAG GAG
  טעות נפוצה: Keeps T in the RNA copy.
  משוב מהקטלוג
  ב־RNA אין T. במקומו יש U, אורציל, שמזדווג עם A בדיוק כמו T. לכן העותק של ATG הוא AUG: אותן אותיות, עם U בכל מקום שבו בגן יש T.
- שגויה TAC TTC CTC
  משוב
  זה הגדיל השני של ה־DNA, גדיל התבנית. ה־RNA נבנה מולו, ולכן הוא משלים לו, ויוצא כמו הגדיל המקודד, עם U במקום T.
משוב לתשובה נכונה
אותן אותיות, ו־U במקום T: AUG AAG GAG. ה־AUG הוא קודון ההתחלה: כאן הריבוזום יתחיל לקרוא.

רמז
ה־RNA כתוב באותן אותיות כמו הגדיל המקודד, עם החלפה אחת.

פתרון מלא
1. RNA פולימראז בונה את ה־RNA מול גדיל התבנית, ולכן ה־RNA זהה לגדיל המקודד.
2. ההבדל היחיד: ב־RNA יש U במקום T.
3. ATG AAG GAG הופך ל־AUG AAG GAG.
אם השלמתם כל אות, כתבתם את ההשלמה של ה־RNA. אם השארתם T, שכחתם שב־RNA אין T.
שלב 3 מתוך 6
לפתוח את השלב
קריאה בשלשות
תרגול · חשבו
השאלה
בגן שבסצנה $51$ ⁠ אותיות. קודון ההתחלה AUG תופס את האותיות $4$ ⁠ עד $6$ ⁠, וקודון הסיום UAA את האותיות $46$ ⁠ עד $48$ ⁠. כמה קודונים קורא הריבוזום, כולל קודון הסיום?

התשובה הנכונה
15 ± 0.1
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
שינוי של אות אחת
בלי שינויברירת מחדלמוסתר
הגן / החלבון המקופל
0.5 (הגן → החלבון המקופל)
מתקבלת בטווח
± 0.1
מחושבת מהסצנה בהגדרה של השלב
Codons the ribosome reads, from AUG to the stop codon inclusive/nodes/gene/outputs/codons
תשובות שגויות שהשאלה מזהה
- 17 ± 0.1
  טעות נפוצה: Starts reading codons at the first letter of the gene instead of at the start codon AUG.
  משוב מהקטלוג
  הריבוזום לא מתחיל באות הראשונה. הוא מחליק על ה־RNA עד ה־AUG הראשון, ורק משם קורא שלשות. האותיות שלפני ה־AUG, ואלה שאחרי קודון הסיום, לא מתורגמות. בגן שבסצנה ה־AUG מתחיל באות $4$ ⁠, ולכן שלוש האותיות הראשונות, GCC, לא נכנסות לחלבון.
- 45 ± 0.1
  טעות נפוצה: Matches one letter with one amino acid, instead of three letters, a codon, with one.
  משוב מהקטלוג
  חומצת אמינו אחת מקודדת בשלוש אותיות, קודון. ארבע אותיות לבד יכלו לקודד רק ארבע חומצות אמינו, ויש עשרים. לכן קטע של $6$ ⁠ אותיות הוא $2$ ⁠ קודונים, ו־ $2$ ⁠ חומצות אמינו, ולא $6$ ⁠.
משוב לתשובה נכונה
מאות $4$ ⁠ עד אות $48$ ⁠ יש $45$ ⁠ אותיות, כלומר $15$ ⁠ קודונים: $14$ ⁠ שמביאים חומצת אמינו, וקודון הסיום.

רמז
כמה אותיות יש מאות $4$ ⁠ עד אות $48$ ⁠, כולל שתיהן?

פתרון מלא
1. הקריאה מתחילה ב־AUG, באות $4$ ⁠, ונגמרת בסוף קודון הסיום, באות $48$ ⁠.
2. אותיות שנקראות: $48 - 4 + 1 = 45$ ⁠.
3. קודונים: $\frac{45}{3} = 15$ ⁠.
אם יצא לכם $17$ ⁠, חילקתם את כל $51$ ⁠ האותיות בשלוש, כאילו הקריאה מתחילה באות הראשונה ונמשכת עד הסוף.
שלב 4 מתוך 6
לפתוח את השלב
השרשרת
תרגול · חשבו
השאלה
כמה חומצות אמינו יש בשרשרת שהריבוזום בונה מהגן הזה?

התשובה הנכונה
14 ± 0.1
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
שינוי של אות אחת
בלי שינויברירת מחדלמוסתר
הגן / החלבון המקופל
0.74 (הגן → החלבון המקופל)
מתקבלת בטווח
± 0.1
מחושבת מהסצנה בהגדרה של השלב
Amino acids in the protein (0 when there is no start codon)/nodes/gene/outputs/aminoAcids
תשובות שגויות שהשאלה מזהה
- 15 ± 0.1
  טעות נפוצה: Counts the stop codon as an amino acid.
  משוב מהקטלוג
  קודון סיום לא מביא חומצת אמינו. אין tRNA שמתאים ל־UAA, UAG או UGA, ולכן כשהריבוזום מגיע אליו הוא משחרר את השרשרת. מספר חומצות האמינו קטן באחד ממספר הקודונים שנקראו, כי האחרון הוא קודון הסיום.
- 17 ± 0.1
  טעות נפוצה: Starts reading codons at the first letter of the gene instead of at the start codon AUG.
  משוב מהקטלוג
  הריבוזום לא מתחיל באות הראשונה. הוא מחליק על ה־RNA עד ה־AUG הראשון, ורק משם קורא שלשות. האותיות שלפני ה־AUG, ואלה שאחרי קודון הסיום, לא מתורגמות. בגן שבסצנה ה־AUG מתחיל באות $4$ ⁠, ולכן שלוש האותיות הראשונות, GCC, לא נכנסות לחלבון.
- 51 ± 0.1
  טעות נפוצה: Matches one letter with one amino acid, instead of three letters, a codon, with one.
  משוב מהקטלוג
  חומצת אמינו אחת מקודדת בשלוש אותיות, קודון. ארבע אותיות לבד יכלו לקודד רק ארבע חומצות אמינו, ויש עשרים. לכן קטע של $6$ ⁠ אותיות הוא $2$ ⁠ קודונים, ו־ $2$ ⁠ חומצות אמינו, ולא $6$ ⁠.
משוב לתשובה נכונה
$14$ ⁠: חומצת אמינו אחת לכל קודון, חוץ מקודון הסיום, שלא מביא כלום ומשחרר את השרשרת.

רמז
$15$ ⁠ קודונים נקראו. מה מביא האחרון שבהם?

פתרון מלא
1. הריבוזום קורא $15$ ⁠ קודונים, מ־AUG ועד UAA.
2. כל קודון חוץ מהאחרון מביא חומצת אמינו אחת.
3. קודון הסיום לא מקודד חומצת אמינו.
4. בשרשרת: $15 - 1 = 14$ ⁠ חומצות אמינו.
אם עניתם $15$ ⁠, ספרתם גם את קודון הסיום. אם עניתם $51$ ⁠, נתתם חומצת אמינו לכל אות.
שלב 5 מתוך 6
לפתוח את השלב
איפה השרשרת נגמרת
תרגול · בחרו
השאלה
מה עושה הריבוזום כשהוא מגיע לקודון UAA?

התשובה הנכונה
- נכונה משחרר את השרשרת: אין tRNA שמתאים לקודון הזה
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
שינוי של אות אחת
בלי שינויברירת מחדלמוסתר
הגן / החלבון המקופל
0.74 (הגן → החלבון המקופל)
האפשרויות
מוצגות בסדר אקראי.
- נכונה משחרר את השרשרת: אין tRNA שמתאים לקודון הזה
- שגויה מוסיף חומצת אמינו אחרונה ואז עוצר
  טעות נפוצה: Counts the stop codon as an amino acid.
  משוב מהקטלוג
  קודון סיום לא מביא חומצת אמינו. אין tRNA שמתאים ל־UAA, UAG או UGA, ולכן כשהריבוזום מגיע אליו הוא משחרר את השרשרת. מספר חומצות האמינו קטן באחד ממספר הקודונים שנקראו, כי האחרון הוא קודון הסיום.
- שגויה מדלג עליו וממשיך לקודון הבא
  משוב
  אם הריבוזום היה מדלג, השרשרת הייתה נמשכת עד סוף ה־RNA. קודון סיום הוא בדיוק מה שקובע איפה החלבון נגמר.
משוב לתשובה נכונה
UAA, UAG ו־UGA הם קודוני סיום. אין להם tRNA, ולכן חלבון מיוחד, גורם שחרור, נכנס למקומם והשרשרת משתחררת.

רמז
ספרו שוב: $15$ ⁠ קודונים, $14$ ⁠ חומצות אמינו.

פתרון מלא
1. כל קודון רגיל מתאים ל־tRNA שנושא חומצת אמינו.
2. לשלושת קודוני הסיום אין tRNA.
3. לכן כשהריבוזום מגיע ל־UAA הוא משחרר את השרשרת, וה־RNA והריבוזום נפרדים.
בסצנה: $15$ ⁠ קודונים נקראו, ובשרשרת $14$ ⁠ חומצות אמינו. ההפרש הוא קודון הסיום.
שלב 6 מתוך 6
לפתוח את השלב
הקוד הגנטי
תרגול · חשבו
השאלה
קודון הוא שלוש אותיות, וכל אחת מהן יכולה להיות אחת מארבע: A, C, G או U. כמה קודונים שונים אפשר לכתוב?

התשובה הנכונה
64 ± 0.1
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
שינוי של אות אחת
בלי שינויברירת מחדלמוסתר
הגן / החלבון המקופל
החלבון המקופל
מתקבלת בטווח
± 0.1
ערך קבוע בשאלה
תשובות שגויות שהשאלה מזהה
- 12 ± 0.1
  טעות נפוצה: Matches one letter with one amino acid, instead of three letters, a codon, with one.
  משוב
  $4 \times 3 = 12$ ⁠ סופר אותיות, לא צירופים. לכל אחת מארבע האפשרויות לאות הראשונה יש ארבע לשנייה, ולכל אחת מהן ארבע לשלישית.
- 20 ± 0.1
  טעות נפוצה: Thinks every change of a letter changes the protein.
  משוב
  $20$ ⁠ הוא מספר חומצות האמינו. הקודונים רבים מהן, ולכן לרוב חומצות האמינו יש כמה קודונים.
משוב לתשובה נכונה
$4 \times 4 \times 4 = 64$ ⁠ קודונים: $61$ ⁠ מקודדים חומצות אמינו ו־ $3$ ⁠ הם קודוני סיום. עם שתי אותיות היו רק $16$ ⁠, פחות מעשרים חומצות האמינו.

רמז
ספרו כמו בעץ: כמה אפשרויות לאות הראשונה, כמה לשנייה, כמה לשלישית?

פתרון מלא
1. אפשרויות לאות הראשונה: $4$ ⁠.
2. לכל אחת מהן, $4$ ⁠ לשנייה: $4 \times 4 = 16$ ⁠.
3. לכל אחת מאלה, $4$ ⁠ לשלישית: $16 \times 4 = 64$ ⁠.
4. $61$ ⁠ קודונים מקודדים $20$ ⁠ חומצות אמינו, ו־ $3$ ⁠ הם קודוני סיום.
זו הסיבה שהקוד בנוי משלשות: זוגות של אותיות נותנים רק $4^2 = 16$ ⁠ צירופים, ולא היו מספיקים לעשרים חומצות אמינו.

שיעור 3 מתוך 4 · כ־25 דקות

מוטציות

מה עושה שינוי של אות אחת בגן: מוטציה שקטה, מוטציית סלף, מוטציית פסק והסטת מסגרת, ולמה מחיקה של שלוש אותיות פוגעת פחות ממחיקה של אחת.

לפתוח את השיעור

5 השלבים והתשובות שלהם

שלב 1 מתוך 5
לפתוח את השלב
אותה משמעות
תרגול · נבאו, ואז הסתכלו
השאלה
אות $15$ ⁠ בגן הופכת מ־G ל־A, ולכן הקודון CTG הופך ל־CTA. בטבלת הקוד שניהם לאוצין. מה יקרה לחלבון?

התשובה הנכונה
- נכונה כלום: אותו חלבון בדיוק
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
שינוי של אות אחת
בלי שינויקבוע
הגן / החלבון המקופל
החלבון המקופל
האפשרויות
- נכונה כלום: אותו חלבון בדיוק
- שגויה חומצת אמינו אחת תתחלף באחרת
  טעות נפוצה: Thinks every change of a letter changes the protein.
  משוב מהקטלוג
  לרוב חומצות האמינו יש כמה קודונים, ולעיתים קרובות הם שונים רק באות השלישית: CTG ו־CTA הם שניהם לאוצין. מוטציה שהופכת אחד לשני היא שקטה: הגן השתנה, החלבון לא. בנוסף, רוב ה־DNA בתא כלל לא מקודד לחלבון.
- שגויה השרשרת תיקטע מוקדם
  טעות נפוצה: Thinks every change of a letter changes the protein.
  משוב מהקטלוג
  לרוב חומצות האמינו יש כמה קודונים, ולעיתים קרובות הם שונים רק באות השלישית: CTG ו־CTA הם שניהם לאוצין. מוטציה שהופכת אחד לשני היא שקטה: הגן השתנה, החלבון לא. בנוסף, רוב ה־DNA בתא כלל לא מקודד לחלבון.
- שגויה כל חומצות האמינו מכאן והלאה ישתנו
  טעות נפוצה: Thinks every change of a letter changes the protein.
  משוב מהקטלוג
  לרוב חומצות האמינו יש כמה קודונים, ולעיתים קרובות הם שונים רק באות השלישית: CTG ו־CTA הם שניהם לאוצין. מוטציה שהופכת אחד לשני היא שקטה: הגן השתנה, החלבון לא. בנוסף, רוב ה־DNA בתא כלל לא מקודד לחלבון.
אחרי נעילת הניבוי הסצנה משתנה
שינוי של אות אחת
אות 15: G ל־Aקבוע
הגן / החלבון המקופל
החלבון המקופל
ואז הסצנה מראה: 0 · Position in the chain of the first amino acid that differs, counting from 1 (0 when none does)/nodes/gene/outputs/changedAt
ניבוי אף פעם לא נחשב כישלון: בכל מקרה הלומדים רואים את התוצאה ואת ההסבר.
משוב לתשובה נכונה
הגן השתנה, אבל החלבון לא: לאוצין נשאר לאוצין, והקיפול נשאר אותו קיפול. זו מוטציה שקטה.

רמז
הריבוזום רואה רק לאיזו חומצת אמינו הקודון מתאים.

פתרון מלא
1. לפני: CTG, לאוצין. אחרי: CTA, גם לאוצין.
2. הריבוזום מביא אותה חומצת אמינו, ולכן השרשרת זהה.
3. שרשרת זהה מתקפלת לאותה צורה.
אחרי החשיפה, החלבון המקורי והחדש זהים, ואין חומצת אמינו ראשונה שהשתנתה: המספר שהסצנה מראה הוא $0$ ⁠.
שלב 2 מתוך 5
לפתוח את השלב
חומצת אמינו אחרת
תרגול · חשבו
השאלה
עכשיו אות $20$ ⁠ הופכת מ־T ל־A, ולכן הקודון GTG, באותיות $19$ ⁠ עד $21$ ⁠, הופך ל־GAG. איזו חומצת אמינו בשרשרת, בספירה מהראשונה, מתחלפת?

התשובה הנכונה
6 ± 0.1
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
שינוי של אות אחת
אות 20: T ל־Aקבוע
הגן / החלבון המקופל
החלבון המקופל
מתקבלת בטווח
± 0.1
מחושבת מהסצנה בהגדרה של השלב
Position in the chain of the first amino acid that differs, counting from 1 (0 when none does)/nodes/gene/outputs/changedAt
תשובות שגויות שהשאלה מזהה
- 7 ± 0.1
  טעות נפוצה: Starts reading codons at the first letter of the gene instead of at the start codon AUG.
  משוב מהקטלוג
  הריבוזום לא מתחיל באות הראשונה. הוא מחליק על ה־RNA עד ה־AUG הראשון, ורק משם קורא שלשות. האותיות שלפני ה־AUG, ואלה שאחרי קודון הסיום, לא מתורגמות. בגן שבסצנה ה־AUG מתחיל באות $4$ ⁠, ולכן שלוש האותיות הראשונות, GCC, לא נכנסות לחלבון.
- 20 ± 0.1
  טעות נפוצה: Matches one letter with one amino acid, instead of three letters, a codon, with one.
  משוב מהקטלוג
  חומצת אמינו אחת מקודדת בשלוש אותיות, קודון. ארבע אותיות לבד יכלו לקודד רק ארבע חומצות אמינו, ויש עשרים. לכן קטע של $6$ ⁠ אותיות הוא $2$ ⁠ קודונים, ו־ $2$ ⁠ חומצות אמינו, ולא $6$ ⁠.
משוב לתשובה נכונה
השישית. מאות $4$ ⁠ הקודונים מתחילים באותיות $4, 7, 10, 13, 16, 19$ ⁠, ולכן GTG הוא הקודון השישי: ואלין, דוחת מים, מתחלפת בגלוטמט, אוהבת מים, והקיפול משתנה. זו מוטציית סלף.

רמז
הקריאה מתחילה ב־AUG, באות $4$ ⁠. מה מספר הקודון שמתחיל באות $19$ ⁠?

פתרון מלא
1. הקודון הראשון מתחיל באות $4$ ⁠, וכל קודון שלוש אותיות אחריו.
2. הקודון שמתחיל באות $19$ ⁠: $\frac{19 - 4}{3} + 1 = 6$ ⁠.
3. השרשרת היא M K E L S V…, והשישית, V (ואלין), הופכת ל־E (גלוטמט).
אם עניתם $7$ ⁠, ספרתם שלשות מהאות הראשונה של הגן, אבל שלוש האותיות שלפני ה־AUG לא נקראות. אם עניתם $20$ ⁠, נתתם את מספר האות ולא את מספר חומצת האמינו.
שלב 3 מתוך 5
לפתוח את השלב
עצירה מוקדמת
תרגול · חשבו
השאלה
עכשיו אות $22$ ⁠ הופכת מ־C ל־T, ולכן הקודון השביעי, CAG, הופך ל־TAG. כמה חומצות אמינו יהיו בשרשרת?

התשובה הנכונה
6 ± 0.1
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
שינוי של אות אחת
אות 22: C ל־Tקבוע
הגן / החלבון המקופל
החלבון המקופל
מתקבלת בטווח
± 0.1
מחושבת מהסצנה בהגדרה של השלב
Amino acids in the protein (0 when there is no start codon)/nodes/gene/outputs/aminoAcids
תשובות שגויות שהשאלה מזהה
- 14 ± 0.1
  טעות נפוצה: Thinks a change of one letter can change at most one amino acid.
  משוב מהקטלוג
  שינוי של אות אחת יכול לעשות הרבה יותר. אם הוא יוצר קודון סיום, מוטציית פסק, השרשרת נקטעת וכל חומצות האמינו שאחריו אובדות. ואם אות נמחקת או נוספת, הסטת מסגרת, הריבוזום ממשיך לקרוא בשלשות, ולכן כל קודון שאחרי השינוי מקובץ אחרת, עד שקודון סיום מופיע במקרה.
- 7 ± 0.1
  טעות נפוצה: Counts the stop codon as an amino acid.
  משוב מהקטלוג
  קודון סיום לא מביא חומצת אמינו. אין tRNA שמתאים ל־UAA, UAG או UGA, ולכן כשהריבוזום מגיע אליו הוא משחרר את השרשרת. מספר חומצות האמינו קטן באחד ממספר הקודונים שנקראו, כי האחרון הוא קודון הסיום.
משוב לתשובה נכונה
$6$ ⁠: UAG הוא קודון סיום, ולכן הריבוזום משחרר את השרשרת אחרי שש חומצות אמינו, במקום ארבע־עשרה. זו מוטציית פסק, ושרשרת קטועה כזאת בדרך כלל לא מתפקדת.

רמז
ב־RNA, TAG הוא UAG. מה המשמעות שלו בקוד?

פתרון מלא
1. הקודון השביעי הופך ל־UAG, קודון סיום.
2. הריבוזום מוסיף חומצות אמינו רק לששת הקודונים שלפניו.
3. בשרשרת: $6$ ⁠ חומצות אמינו.
אם עניתם $14$ ⁠, חשבתם ששינוי של אות אחת משנה רק חומצת אמינו אחת. אם עניתם $7$ ⁠, ספרתם את קודון הסיום.
שלב 4 מתוך 5
לפתוח את השלב
אות שאבדה
תרגול · נבאו, ואז הסתכלו
השאלה
עכשיו אות אחת, אות $13$ ⁠, נמחקת מהגן. מה יקרה לחלבון?

התשובה הנכונה
- נכונה כל חומצות האמינו מהמקום הזה והלאה ישתבשו
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
שינוי של אות אחת
בלי שינויקבוע
הגן / החלבון המקופל
החלבון המקופל
האפשרויות
- נכונה כל חומצות האמינו מהמקום הזה והלאה ישתבשו
- שגויה רק חומצת אמינו אחת תשתנה
  טעות נפוצה: Thinks a change of one letter can change at most one amino acid.
  משוב מהקטלוג
  שינוי של אות אחת יכול לעשות הרבה יותר. אם הוא יוצר קודון סיום, מוטציית פסק, השרשרת נקטעת וכל חומצות האמינו שאחריו אובדות. ואם אות נמחקת או נוספת, הסטת מסגרת, הריבוזום ממשיך לקרוא בשלשות, ולכן כל קודון שאחרי השינוי מקובץ אחרת, עד שקודון סיום מופיע במקרה.
- שגויה לשרשרת פשוט תחסר חומצת אמינו אחת
  משוב
  זה קורה כשנמחקות שלוש אותיות יחד, קודון שלם. אות אחת מזיזה את כל השלשות שאחריה.
- שגויה כלום
  טעות נפוצה: Thinks every change of a letter changes the protein.
  משוב מהקטלוג
  לרוב חומצות האמינו יש כמה קודונים, ולעיתים קרובות הם שונים רק באות השלישית: CTG ו־CTA הם שניהם לאוצין. מוטציה שהופכת אחד לשני היא שקטה: הגן השתנה, החלבון לא. בנוסף, רוב ה־DNA בתא כלל לא מקודד לחלבון.
אחרי נעילת הניבוי הסצנה משתנה
שינוי של אות אחת
אות 13 נמחקתקבוע
הגן / החלבון המקופל
החלבון המקופל
ואז הסצנה מראה: 8 · Amino acids in the protein (0 when there is no start codon)/nodes/gene/outputs/aminoAcids
ניבוי אף פעם לא נחשב כישלון: בכל מקרה הלומדים רואים את התוצאה ואת ההסבר.
משוב לתשובה נכונה
הסטת מסגרת: שלוש חומצות האמינו הראשונות נשארות, ומשם כל קודון מקובץ אחרת. קודון סיום מופיע במקרה, והשרשרת נגמרת אחרי $8$ ⁠ חומצות אמינו, רובן שגויות.

רמז
הריבוזום תמיד קורא שלשות מה־AUG. מה קורה לשלשות כשאות אחת חסרה?

פתרון מלא
1. אות $13$ ⁠ היא הראשונה בקודון הרביעי, CTG.
2. בלעדיה, כל האותיות שאחריה זזות מקום אחד אחורה, והשלשות נקראות אחרת.
3. מהחומצה הרביעית והלאה השרשרת שונה, עד שקודון סיום מופיע במקרה.
4. הסצנה מראה שרשרת של $8$ ⁠ חומצות אמינו.
מחיקה של אות אחת גרועה כמעט תמיד ממחיקה של שלוש: שלוש אותיות מוציאות קודון שלם ומשאירות את המסגרת במקומה.
שלב 5 מתוך 5
לפתוח את השלב
שלוש אותיות
תרגול · חשבו
השאלה
נניח שבמקום אות אחת נמחקות שלוש האותיות CTG, הקודון הרביעי כולו. כמה חומצות אמינו יהיו בשרשרת?

התשובה הנכונה
13 ± 0.1
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
שינוי של אות אחת
אות 13 נמחקת
הגן / החלבון המקופל
החלבון המקופל
מתקבלת בטווח
± 0.1
ערך קבוע בשאלה
תשובות שגויות שהשאלה מזהה
- 11 ± 0.1
  טעות נפוצה: Matches one letter with one amino acid, instead of three letters, a codon, with one.
  משוב מהקטלוג
  חומצת אמינו אחת מקודדת בשלוש אותיות, קודון. ארבע אותיות לבד יכלו לקודד רק ארבע חומצות אמינו, ויש עשרים. לכן קטע של $6$ ⁠ אותיות הוא $2$ ⁠ קודונים, ו־ $2$ ⁠ חומצות אמינו, ולא $6$ ⁠.
- 8 ± 0.1
  טעות נפוצה: Thinks a change of one letter can change at most one amino acid.
  משוב
  $8$ ⁠ היה אורך השרשרת אחרי מחיקה של אות אחת. שלוש אותיות הן קודון שלם, ולכן המסגרת לא זזה.
משוב לתשובה נכונה
$13$ ⁠: חסרה רק חומצת האמינו לאוצין, וכל השאר נקרא כמו קודם. כך נראית המוטציה הנפוצה ביותר שגורמת לסיסטיק פיברוזיס: שלוש אותיות שאבדו, חומצת אמינו אחת שנעלמה.

רמז
שלוש אותיות הן קודון אחד. האם השלשות שאחריו זזות?

פתרון מלא
1. שלוש אותיות רצופות שמתחילות בתחילת קודון הן קודון שלם.
2. אחרי שהן נמחקות, השלשות שאחריהן מתחילות שוב במקום הנכון: המסגרת נשמרת.
3. מ־ $14$ ⁠ חומצות אמינו חסרה אחת: $14 - 1 = 13$ ⁠.
אם עניתם $11$ ⁠, הורדתם חומצת אמינו לכל אות שנמחקה.

שיעור 4 מתוך 4 · כ־25 דקות

עריכת גנים בקריספר

איך Cas9 מוצא אתר אחד בגנום, למה אות שגויה ליד ה־PAM עוצרת אותו ואות שגויה בקצה הרחוק לא, ואיך התיקון של התא משבית גן או כותב לתוכו אותיות חדשות.

לפתוח את השיעור

6 השלבים והתשובות שלהם

שלב 1 מתוך 6
לפתוח את השלב
מחפשים אתר אחד
תרגול · חשבו
השאלה
Cas9 לא קורא את כל ה־DNA. הוא מחליק לאורכו ועוצר רק ליד PAM, אות כלשהי ואחריה GG, ושם בודק את ה־RNA המנחה. הזיזו לאט את הרצת העריכה. בכמה מקומות על הקטע שבסצנה Cas9 יכול לעצור?

התשובה הנכונה
3 ± 0.1
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
RNA מנחה
תואם לגן
תיקון
חיבור הקצוות
הרצת העריכה
הגעת Cas9
מתקבלת בטווח
± 0.1
מחושבת מהסצנה בהגדרה של השלב
PAMs (NGG) on the stretch of DNA, where Cas9 stops to check/nodes/edit/outputs/pams
תשובות שגויות שהשאלה מזהה
- 1 ± 0.1
  טעות נפוצה: Thinks Cas9 cuts only where all twenty letters of the guide match.
  משוב
  Cas9 לא יודע מראש איפה המטרה. הוא נעצר בכל PAM ובודק, ובקטע הזה יש עוד שני PAM מלבד המטרה.
משוב לתשובה נכונה
שלושה PAM: בראשון ובשלישי ה־RNA המנחה לא מתאים, וה־DNA נסגר בחזרה. רק באמצעי כל עשרים האותיות מזדווגות.

רמז
כש־Cas9 עוצר, ה־DNA נפתח מעט לידו. ספרו את העצירות.

פתרון מלא
1. Cas9 נוחת ומחליק לאורך ה־DNA.
2. בכל PAM, אות ואחריה GG, הוא פותח מעט את ה־DNA ובודק את ה־RNA המנחה.
3. בקטע יש שלושה PAM, ולכן שלוש עצירות: שתיים נכשלות, ובשלישית, המטרה, הוא ננעל.
החיפוש לפי PAM הוא מה שמאפשר ל־Cas9 למצוא אתר אחד בגנום של מיליארדי אותיות בלי לבדוק כל אחת מהן.
שלב 2 מתוך 6
לפתוח את השלב
הקצה הרחוק
תרגול · נבאו, ואז הסתכלו
השאלה
עכשיו ב־RNA המנחה אות אחת שגויה, בקצה הרחוק מה־PAM. $19$ ⁠ מתוך $20$ ⁠ האותיות מתאימות למטרה. האם Cas9 יחתוך את הגן?

התשובה הנכונה
- נכונה כן, הוא ננעל וחותך
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
RNA מנחה
תואם לגןקבוע
תיקון
חיבור הקצוות
הרצת העריכה
הגעת Cas9קבוע
האפשרויות
- נכונה כן, הוא ננעל וחותך
- שגויה לא, כל אות שגויה עוצרת אותו
  טעות נפוצה: Thinks Cas9 cuts only where all twenty letters of the guide match.
  משוב מהקטלוג
  Cas9 בודק את ה־RNA המנחה מה־PAM והלאה, אות אחר אות. אות שגויה קרוב ל־PAM עוצרת אותו, אבל אות שגויה אחת בקצה הרחוק נסבלת, ו־Cas9 ננעל וחותך בכל זאת. זו אחת הסיבות שקריספר חותך לפעמים גם במקומות שלא התכוונו אליהם, ולכן מתכננים RNA מנחה שאין לו אתר דומה במקום אחר בגנום.
אחרי נעילת הניבוי הסצנה משתנה
RNA מנחה
אות אחת שגויה, בקצה הרחוקקבוע
הרצת העריכה
0.6 (הגעת Cas9 → גן מתוקן)קבוע
ואז הסצנה מראה: 1 · 1 if Cas9 cuts the target, else 0/nodes/edit/outputs/cuts
ניבוי אף פעם לא נחשב כישלון: בכל מקרה הלומדים רואים את התוצאה ואת ההסבר.
משוב לתשובה נכונה
Cas9 פותח מה־PAM, ו־ $19$ ⁠ האותיות הראשונות שהוא בודק מזדווגות. אות שגויה אחת בקצה הרחוק נסבלת, והוא חותך. זה חותך גם במקום שלא התכוונו: חיתוך מחוץ למטרה.

רמז
Cas9 פותח את ה־DNA מה־PAM והלאה. מתי הוא פוגש את האות השגויה?

פתרון מלא
1. Cas9 בודק את ה־RNA המנחה אות אחר אות, החל מהקצה שליד ה־PAM.
2. $19$ ⁠ האותיות הראשונות מזדווגות, והפתיחה כמעט שלמה.
3. אות שגויה אחת בקצה הרחוק לא מספיקה כדי לעצור אותו, ולכן הוא ננעל וחותך: הסצנה מראה $1$ ⁠, חיתוך.
לכן חוקרים בודקים שאין בגנום אתר אחר שדומה ל־RNA המנחה עד כדי אות או שתיים.
שלב 3 מתוך 6
לפתוח את השלב
ליד ה־PAM
תרגול · נבאו, ואז הסתכלו
השאלה
ועכשיו האות השגויה ב־RNA המנחה יושבת קרוב ל־PAM, שלוש אותיות ממנו. האם Cas9 יחתוך?

התשובה הנכונה
- נכונה לא: ה־DNA נסגר בחזרה ו־Cas9 ממשיך הלאה
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
RNA מנחה
תואם לגןקבוע
תיקון
חיבור הקצוות
הרצת העריכה
הגעת Cas9קבוע
האפשרויות
- נכונה לא: ה־DNA נסגר בחזרה ו־Cas9 ממשיך הלאה
- שגויה כן: גם כאן $19$ ⁠ מתוך $20$ ⁠ מתאימות
  משוב
  המספר לא מספיק: חשוב איפה האות השגויה. Cas9 פותח מה־PAM, ופוגש אותה כבר אחרי שלוש אותיות, לפני שהספיק להינעל.
אחרי נעילת הניבוי הסצנה משתנה
RNA מנחה
אות אחת שגויה, ליד ה־PAMקבוע
הרצת העריכה
גן מתוקןקבוע
ואז הסצנה מראה: 3 · Letters the guide unzips at the target PAM before it locks on or gives up/nodes/edit/outputs/opened
ניבוי אף פעם לא נחשב כישלון: בכל מקרה הלומדים רואים את התוצאה ואת ההסבר.
משוב לתשובה נכונה
Cas9 פותח רק $3$ ⁠ אותיות, פוגש את האות השגויה, וה־DNA נסגר. האזור שליד ה־PAM, הזרע, חייב להתאים בדיוק.

רמז
מאיזה צד Cas9 מתחיל לבדוק?

פתרון מלא
1. Cas9 בודק מהקצה שליד ה־PAM.
2. האות השגויה היא השלישית שהוא פוגש.
3. אות שגויה באזור הזרע עוצרת את הפתיחה: ה־DNA נסגר, ואין חיתוך.
4. הסצנה מראה שנפתחו רק $3$ ⁠ אותיות.
בהשוואה לשאלה הקודמת: אותו מספר אותיות שגויות, אחת, אבל במקום אחר, ותוצאה הפוכה.
שלב 4 מתוך 6
לפתוח את השלב
חיבור הקצוות
תרגול · חשבו
השאלה
ה־RNA המנחה תואם, Cas9 חותך, והתא מחבר את הקצוות ומכניס אות אחת נוספת, T. לפני העריכה הקטע נקרא כ־ $25$ ⁠ קודונים בלי קודון סיום. החיתוך נופל אחרי הקודון ה־ $16$ ⁠, ובפס הקודונים קודון הסיום הוא הרביעי אחרי השבר. כמה חומצות אמינו מקודדות עכשיו לפני העצירה?

התשובה הנכונה
19 ± 0.1
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
RNA מנחה
תואם לגןקבוע
תיקון
חיבור הקצוותקבוע
הרצת העריכה
גן מתוקן
מתקבלת בטווח
± 0.1
מחושבת מהסצנה בהגדרה של השלב
Codons read before a stop in the stretch shown, after the edit/nodes/edit/outputs/aminoAcids
תשובות שגויות שהשאלה מזהה
- 25 ± 0.1
  טעות נפוצה: Thinks a change of one letter can change at most one amino acid.
  משוב מהקטלוג
  שינוי של אות אחת יכול לעשות הרבה יותר. אם הוא יוצר קודון סיום, מוטציית פסק, השרשרת נקטעת וכל חומצות האמינו שאחריו אובדות. ואם אות נמחקת או נוספת, הסטת מסגרת, הריבוזום ממשיך לקרוא בשלשות, ולכן כל קודון שאחרי השינוי מקובץ אחרת, עד שקודון סיום מופיע במקרה.
- 20 ± 0.1
  טעות נפוצה: Counts the stop codon as an amino acid.
  משוב מהקטלוג
  קודון סיום לא מביא חומצת אמינו. אין tRNA שמתאים ל־UAA, UAG או UGA, ולכן כשהריבוזום מגיע אליו הוא משחרר את השרשרת. מספר חומצות האמינו קטן באחד ממספר הקודונים שנקראו, כי האחרון הוא קודון הסיום.
משוב לתשובה נכונה
$16 + 3 = 19$ ⁠: האות הנוספת מזיזה את המסגרת, שלושה קודונים נקראים לא נכון, ואז מופיע TGA. החלבון נקטע, והגן מושבת. כך משתמשים בקריספר כדי לגלות מה גן עושה: מכבים אותו ובודקים מה השתנה.

רמז
$16$ ⁠ קודונים לפני השבר, ואחריו שלושה קודונים משובשים ואז עצירה.

פתרון מלא
1. לפני השבר: $16$ ⁠ קודונים כמו קודם.
2. ה־T הנוסף מזיז את המסגרת, ולכן הקודונים שאחריו נקראים אחרת.
3. שלושה קודונים משובשים, והרביעי הוא קודון סיום, שלא מקודד חומצת אמינו.
4. ביחד: $16 + 3 = 19$ ⁠ חומצות אמינו.
אם עניתם $25$ ⁠, חשבתם שאות אחת לא יכולה לשנות יותר מקודון אחד. אם עניתם $20$ ⁠, ספרתם את קודון הסיום.
שלב 5 מתוך 6
לפתוח את השלב
העתקת תבנית
תרגול · חשבו
השאלה
הפעם החוקרים נותנים לתא תבנית, והוא מעתיק ממנה שש אותיות חדשות לתוך השבר: CAC CAT. כמה קודונים נקראים עכשיו בקטע, בלי קודון סיום?

התשובה הנכונה
27 ± 0.1
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
RNA מנחה
תואם לגןקבוע
תיקון
העתקת תבניתקבוע
הרצת העריכה
גן מתוקן
מתקבלת בטווח
± 0.1
מחושבת מהסצנה בהגדרה של השלב
Codons read before a stop in the stretch shown, after the edit/nodes/edit/outputs/aminoAcids
תשובות שגויות שהשאלה מזהה
- 31 ± 0.1
  טעות נפוצה: Matches one letter with one amino acid, instead of three letters, a codon, with one.
  משוב מהקטלוג
  חומצת אמינו אחת מקודדת בשלוש אותיות, קודון. ארבע אותיות לבד יכלו לקודד רק ארבע חומצות אמינו, ויש עשרים. לכן קטע של $6$ ⁠ אותיות הוא $2$ ⁠ קודונים, ו־ $2$ ⁠ חומצות אמינו, ולא $6$ ⁠.
- 19 ± 0.1
  טעות נפוצה: Thinks a change of one letter can change at most one amino acid.
  משוב
  $19$ ⁠ היה המספר אחרי חיבור הקצוות. שש אותיות הן שני קודונים שלמים, ולכן המסגרת לא זזה ואין עצירה מוקדמת.
משוב לתשובה נכונה
$25 + 2 = 27$ ⁠: שש אותיות הן שני קודונים חדשים, היסטידין והיסטידין, והקריאה לא זזה. כך כותבים שינוי מכוון לתוך גן.

רמז
שש אותיות הן כמה קודונים? האם המסגרת זזה?

פתרון מלא
1. התבנית כותבת שש אותיות, כלומר $\frac{6}{3} = 2$ ⁠ קודונים שלמים.
2. שש היא כפולה של שלוש, ולכן הקודונים שאחרי השבר מתחילים במקום הנכון.
3. הקטע נקרא עכשיו כ־ $25 + 2 = 27$ ⁠ קודונים, כולם תקינים.
אם עניתם $31$ ⁠, נתתם קודון לכל אות חדשה.
שלב 6 מתוך 6
לפתוח את השלב
מי מתקן
תרגול · בחרו
השאלה
מי כותב את האותיות החדשות לתוך הגן?

התשובה הנכונה
- נכונה התא, כשהוא מתקן את השבר
הגדרות, אפשרויות ומשוב
הסצנה בשלב הזה
RNA מנחה
תואם לגן
תיקון
העתקת תבנית
הרצת העריכה
0.6 (הגעת Cas9 → גן מתוקן)
האפשרויות
מוצגות בסדר אקראי.
- נכונה התא, כשהוא מתקן את השבר
- שגויה Cas9, אחרי שהוא חותך
  טעות נפוצה: Thinks Cas9 itself writes the new letters into the gene.
  משוב מהקטלוג
  Cas9 רק חותך: הוא מוצא את המקום ושובר את שני הגדילים. את השבר מתקן התא, בכלים שהיו לו תמיד. חיבור מהיר של הקצוות מכניס לעיתים קרובות אות מיותרת ומשבית את הגן. כשיש לתא תבנית שהחוקרים הכניסו, הוא מעתיק ממנה, וכך נכתבות אותיות חדשות.
- שגויה ה־RNA המנחה, שנשאר בתוך ה־DNA
  טעות נפוצה: Thinks Cas9 itself writes the new letters into the gene.
  משוב מהקטלוג
  Cas9 רק חותך: הוא מוצא את המקום ושובר את שני הגדילים. את השבר מתקן התא, בכלים שהיו לו תמיד. חיבור מהיר של הקצוות מכניס לעיתים קרובות אות מיותרת ומשבית את הגן. כשיש לתא תבנית שהחוקרים הכניסו, הוא מעתיק ממנה, וכך נכתבות אותיות חדשות.
משוב לתשובה נכונה
Cas9 משתחרר מיד אחרי החיתוך. התא מתקן את השבר בכלים שלו: חיבור מהיר של הקצוות, או העתקה מתבנית כשיש כזאת.

רמז
הסתכלו מה קורה ל־Cas9 אחרי החיתוך.

פתרון מלא
1. Cas9 מוצא את האתר בעזרת ה־RNA המנחה וחותך את שני הגדילים.
2. אחר כך הוא משתחרר, והשבר נשאר.
3. התא מתקן אותו: חיבור הקצוות מכניס לעיתים קרובות אות מיותרת, והעתקה מתבנית כותבת את מה שבתבנית.
לכן כדי לכתוב שינוי מכוון צריך לתת לתא גם תבנית, לא רק את Cas9.

בכל היחידה · 13 טעויות נפוצות

קטלוג הטעויות הנפוצות

כל טעות נפוצה שהיחידה מזהה, בכמה מילים. פתחו טעות כדי לראות מה הלומדים קוראים כשהתשובה מתאימה לה, ואיפה היא נשאלת.

תוכן העניינים

הסליל הכפול

שני גדילים וסולם

השאלה

התשובה הנכונה

הסצנה בשלב הזה

האפשרויות

רמז

פתרון מלא

קשרי מימן

השאלה

התשובה הנכונה

הסצנה בשלב הזה

תשובות שגויות שהשאלה מזהה

רמז

פתרון מלא

כלל צ'רגף

השאלה

התשובה הנכונה

הסצנה בשלב הזה

תשובות שגויות שהשאלה מזהה

רמז

פתרון מלא

סליל יציב יותר

השאלה

המטרה

הסצנה בשלב הזה

הגדרה אחת שמגיעה למטרה

רמז

פתרון מלא

מולקולה אחת הופכת לשתיים

השאלה

התשובה הנכונה

הסצנה בשלב הזה

האפשרויות

אחרי נעילת הניבוי הסצנה משתנה

רמז

פתרון מלא

מגן לחלבון

גנים מייצרים חלבונים

שעתוק

השאלה

התשובה הנכונה

הסצנה בשלב הזה

האפשרויות

רמז

פתרון מלא

קריאה בשלשות

השאלה

התשובה הנכונה

הסצנה בשלב הזה

תשובות שגויות שהשאלה מזהה

רמז

פתרון מלא

השרשרת

השאלה

התשובה הנכונה

הסצנה בשלב הזה

תשובות שגויות שהשאלה מזהה

רמז

פתרון מלא

איפה השרשרת נגמרת

השאלה

התשובה הנכונה

הסצנה בשלב הזה

האפשרויות

רמז

פתרון מלא

הקוד הגנטי

השאלה

התשובה הנכונה

הסצנה בשלב הזה

תשובות שגויות שהשאלה מזהה

רמז

פתרון מלא

מוטציות

אותה משמעות

השאלה

התשובה הנכונה

הסצנה בשלב הזה

האפשרויות