ViewWiki

העולם, קצת יותר מקרוב

נגיפים.

נגיף הוא חבילה של גנים בתוך קליפת חלבון, קטן בהרבה מחיידק. ראו איך הוא פורץ לתוך תא והופך אותו למפעל של נגיפים.

גלו את הסצנה מאמר אינטראקטיבי

01 / הניסוי

לא חי, עד שהוא נכנס פנימה.

בחרו נגיף וחתכו אותו, ואז גררו את שלב ההדבקה מסחיפה עד שחרור.

תמונה של הסצנה התלת־ממדית „נגיפים”, שעוסקת בשאלה: למה אנטיביוטיקה לא מרפאת הצטננות?
סצנה אינטראקטיבית

הגרסה האינטראקטיבית נטענת…

ההסבר שלמטה זמין כבר עכשיו, בזמן שהסצנה נטענת.

החלקיקים והתאים מוצגים בגודלם היחסי האמיתי, יחידה אחת בסצנה לכל 25 ננומטר. רואים רק חלק קטן מהתא המאכסן.הצבעים מומצאים; נגיפים קטנים מאורכי הגל של האור. מחזור אמיתי נמשך בין כחצי שעה (T4) לשעות רבות, ומייצר מאות או אלפי חלקיקים חדשים, לא ארבעה. הכניסה והיציאה מפושטות לדרך אחת לכל נגיף.

02 / שלושה מבנים

שלוש דרכים לארוז גן.

כל נגיף הוא גנום בתוך קליפת חלבון; ההבדלים ביניהם הם בעטיפה ובמה שהם מסוגלים להדביק.

עם מעטפת · ~100 nm01

נגיף קורונה

ה־RNA שלו, כרוך סביב חלבונים, יושב בתוך פיסת קרום שומני שנלקחה מהתא האחרון שממנו יצא. חלבוני ספייק נאחזים בתא הבא שאליו הוא נכנס.

גודל
בערך 100 nm
גנים
RNA, כ־30,000 אותיות
עטיפה
מעטפת שומנית וחלבוני ספייק
מדביק
תאי דרכי הנשימה
קפסיד חשוף · ~90 nm02

נגיף אדנו

בלי מעטפת בכלל: קליפה קשה בת עשרים פאות, עשויה מ־252 יחידות חלבון, ובכל פינה סיב ארוך שנאחז בתא.

גודל
בערך 90 nm
גנים
DNA, כ־36,000 זוגות בסיסים
עטיפה
קליפת חלבון בת 20 פאות
מדביק
תאי דרכי הנשימה, העין והמעי
בעל זנב · ~200 nm03

פאג' T4

נגיף של חיידקים. הוא נוחת על רגליו, מכווץ את זנבו כמו מזרק ומזריק את ה־DNA שלו, ומשאיר את הקליפה הריקה בחוץ.

גודל
אורכו בערך 200 nm
גנים
DNA, כ־169,000 זוגות בסיסים
עטיפה
ראש, זנב ושש רגליים
מדביק
חיידקי E. coli
הרעיון הגדול

נגיף נושא הוראות אבל לא מנגנונים. הוא יכול להתרבות רק אם יכניס את הגנים שלו לתא חי ויניח לתא לעשות את העבודה.

קטן מכל דבר חי

בשנות ה־90 של המאה ה־19 בדקו חוקרים מחלה של צמחי טבק, וגילו שהמוהל נשאר מדבק גם אחרי שעבר דרך מסננים דקים מספיק כדי לעצור כל חיידק. מה שגרם למחלה היה קטן מכל מחולל מחלה מוכר. זה היה נגיף, ואיש לא ראה נגיף בפועל עד שהגיעו מיקרוסקופי האלקטרונים, בשנות ה־30 של המאה ה־20.

גודלם של רוב הנגיפים הוא בין כ־20 ל־300 ננומטר, כלומר מיליוניות של מילימטר. הציבו עשרים נגיפי קורונה בשורה, והם יגיעו בדיוק לאורכו של חיידק E. coli אחד; וצריך כעשרה חיידקים כאלה כדי לכסות את רוחבו של תא אדם טיפוסי. מיקרוסקופ אור רגיל לא מבחין בשום דבר שקטן בהרבה מ־200 ננומטר, ולכן רוב הנגיפים פשוט בלתי נראים בו.

גנים בקופסה

חלקיק נגיף הוא בקושי יותר מהוראות בתוך אריזה. במרכזו נמצא הגנום: מולקולה ארוכה אחת של DNA או RNA, ובנגיף השפעת שמונה חלקים נפרדים. סביבו יש קפסיד, קליפה שבנויה מעותקים רבים של אותם חלבונים מעטים, ולעיתים קרובות הם משתלבים יחד לצורה בת עשרים פאות. יש נגיפים, כמו נגיפי הקורונה ונגיף השפעת, שלובשים גם מעטפת: פיסת קרום שומני שנלקחה מהתא האחרון שממנו יצאו, וזרועים בה חלבונים משלהם.

מה שחסר לנגיף חשוב לא פחות. אין לו מנגנון להפקת אנרגיה, אין לו דרך לבנות חלבונים, ואין לו אמצעי לשכפל את עצמו. מחוץ לתא הוא אינו פעיל, ולכן ביולוגים עדיין מתווכחים אם לקרוא לנגיפים יצורים חיים.

פורצים פנימה

נגיף נסחף עד שהוא נתקל בתא שנושא על פניו את המולקולה המתאימה. ההתאמה ספציפית: נגיף הקורונה שגורם ל־COVID-19 נאחז בחלבון בשם ACE2, נגיף השפעת נאחז בסוכרים שעל התאים המצפים את דרכי הנשימה שלכם, והבקטריופאג’ T4 נאחז בעטיפה החיצונית של חיידק המעי E. coli. ההתאמה הזאת קובעת אילו פונדקאים, ואילו רקמות, נגיף יכול להדביק.

אחר כך הגנים צריכים להיכנס. נגיפים רבים של בעלי חיים נבלעים בשלמותם בתוך כיס של קרום, ונפתחים בפנים. T4 עושה משהו מכני יותר: הוא נוחת על שש רגליים ארוכות, מכווץ את הנדן הקפיצי שסביב זנבו, נועץ צינור חלול דרך מעטפת התא ומזרים דרכו את ה־DNA שלו.

נסו: בחרו פאג’ T4 וגררו את שלב ההדבקה לאט מהיצמדות אל חדירה. שימו לב איך נדן הזנב מתקצר בזמן שה־DNA יוצא מהראש. אחר כך בחרו נגיף קורונה ובחרו חתוך תחת חיתוך.

חזרה לניסוי

מפעל שנכבש

ברגע שהגנים הנגיפיים בפנים, המנגנונים של התא עצמו קוראים אותם כאילו היו הגנים של התא. התא מתחיל לשכפל את הגנום הנגיפי ולבנות חלבונים נגיפיים, והחלקים החדשים מרכיבים את עצמם לחלקיקים חדשים. הדבקה ב־T4 יכולה להפוך חיידק אחד למאה פאג’ים חדשים או יותר בתוך כחצי שעה. אז הנגיפים החדשים יוצאים, או בהנצה החוצה, עטופים בפיסת קרום, או בפיצוץ התא.

למה אנטיביוטיקה לא עובדת

אנטיביוטיקה תוקפת מבנים שיש רק לחיידקים, כמו דופן התא שלהם וסוג הריבוזומים המיוחד להם, שבונים את החלבונים שלהם. לנגיפים אין אף אחד מהם, ולכן אנטיביוטיקה לא יכולה לפגוע בהם; הצטננות או שפעת נגרמות על ידי נגיף, ולכן אנטיביוטיקה לא עוזרת. יש כמה תרופות נוגדות נגיפים, שמכוונות לשלבים במחזור של נגיף מסוים. חיסונים פועלים אחרת: הם מראים למערכת החיסון גרסה לא מזיקה של נגיף, חלק ממנו או את תוכנית הבנייה שלו, כדי שתהיה מוכנה לזהות את הנגיף האמיתי.

מה המודל הזה משאיר בחוץ

הסצנה עוקבת אחרי חלקיק אחד ומראה ארבעה צאצאים. תאים אמיתיים גדולים בהרבה מהחלק המוצג, והדבקות אמיתיות מייצרות מאות עד אלפי עותקים. נגיפי קורונה בעצם מורכבים על קרומים עמוק בתוך התא, ולא יוצאים בהנצה מפני השטח שלו, ונגיף האדנו משכפל את ה־DNA שלו בתוך גרעין התא, שאינו מצויר.

מותר לעשות בהם שימוש חוזר, עם קרדיט ל־ViewWiki וקישור לעמוד הזה.

04 / ללמוד את זה בקורס

תרגול, צעד אחר צעד.

השיעור הזה מלמד את הנושא עם שאלות שנבדקות.

  1. נגיפים ביולוגיה · מחלות וחיסון